Il 4 marzo 1801 a Washington Thomas Jefferson si insedia come 3° presidente Usa. Quattro anni dopo torna a candidarsi con successo alla presidenza; nel corso del suo doppio mandato (1801-1809) emerge con più vigore il suo nazionalismo. Nel 1803 ratifica l'acquisto della Louisiana dalla Francia. Il suo tentativo di imporre agli inglesi il rispetto della neutralità degli Stati uniti in acque internazionali durante le guerre napoleoniche induce nel 1807 il Congresso a varare l'Embargo Act che proibisce i legami commerciali con la Gran Bretagna, mossa che si rivela però inefficace e che produce effetti economici devastanti. Jefferson resta in carica fino al 3 marzo 1809.