Il 23 febbraio 1961 nasce a Padova la Marsilio Editore. Nel 1965, diventa società per azioni. Nel 1969 con Cesare De Michelis amplia le sue attività. Nel luglio 2000 Marsilio entra nel gruppo RCS libri  mantenendo comunque inalterata l'identità e l'indipendenza nelle scelte editoriali. È del 2005 l’acquisizione del catalogo della casa editrice torinese Testo & Immagine, nota soprattutto per la collana «Universale di architettura» fondata da Bruno Zevi, e del 2009 di LOG607, un editore specializzato nella realizzazione di guide multimediali. Nel 2010 Marsilio acquisisce dalla Rcs il marchio e il catalogo della casa editrice Sonzogno. In cinquant'anni di attività  Marsilio pubblica oltre 6000 titoli, dei quali 2500 ancora in listino e propone ogni anno circa 150 novità. Dal 2020 è controllata dal gruppo Feltrinelli.